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東京都医学総合研究所は、平成23年４月に３つの研究所（東京都神経科学総合研究所・東京都精神医学総合研究所・東京都臨床医学総合研究所）を統合し、新たな研究所として発足いたしました。さらに、平成２４年４月１日付けで、東京都知事より、公益財団法人として認定されました。

今まで培ってきた成果をより発展させ、医学に関する研究を総合的に行うことにより、医学の振興を図り、その研究成果の普及をとおして、「１０年後の東京｣計画に掲げる、がんの早期発見や進行状況の診断法の開発、都が重点的に取り組んでいる保健医療施策を支える研究の推進、都立病院などの医療現場と連携した研究の推進による、新たな診断法の開発や診断精度の向上、研究成果の早期実用化や臨床応用の推進により、都民の医療と福祉の向上に寄与することを目指しています。